De beboervalgte medlemmer af organisationsbestyrelsen i Sydfyns Almene Boliger vælges af boligorganisationens repræsentantskab. Derudover vælger de ansatte indtil to medlemmer af organisationsbestyrelsen.

Hver boligafdeling har indtil tre medlemmer af repræsentantskabet, der vælges på det årlige ordinære afdelingsmøde.

Organisationsbestyrelsen har ansvaret for den overordnede ledelse af Sydfyns Almene Boliger og dens boligafdelinger. Bestyrelsen er ansvarlig for driften – herunder udlejning, budgetlægning, regnskabsaflæggelse, lejefastsættelse og at den daglige administration sker i overensstemmelse med de gældende regler. Organisationsbestyrelsen er desuden ansvarlig for at udarbejde og indsende dokumentationsmateriale til brug for styringsdialog med kommunalbestyrelsen i Svendborg Kommune.

Organisationsbestyrelsen i Sydfyns Almene Boliger har valgt at ansætte en Administrerende direktør og en Teknisk direktør, der i det daglige sammen med de øvrige ansatte i boligorganisationen står for udførelsen af ovenstående opgaver.